在被称作ロストアルテミス的月之崩坏之后，经过数百年，复兴历107年的地球，为了防止月的碎片对地球的伤害，iDOL(去陨石重型机器人)不停的工作着。而能够操纵IDOL的是被选拔出来的被称为iDOL MASTER少女们。她们的使命就是一边继续每天的学业生活一边乘坐IDOL，把要掉落到地球的陨石在大气圈外破碎。少女们是怎样成长为MASTER的?

住在不知天空为何物的村庄“基哈”的少年“西蒙”在开垦村庄时，偶然挖掘到一块闪耀着神秘光芒的晶体。在那之后，巨大的机器人从天井中冲入，对村庄进行大肆地破坏，西蒙与大哥卡米那以及从地面来的少女优子一起，与巨大的机器人展开了殊死的战斗。