小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！

2045年，全世界被塌缩液所污染。人类围绕着最原始的欲望——住所和食物，爆发了席卷全世界的第三次世界大战。战争结束后的世界，已经沦为了废土。在文明濒临灭亡的同时，战争和随之而来的劳动力不足问题也促进了机械技术的进步。其结果就是模仿人类被创造出来的“人形”。以向人类提供各种服务为目的，外表和人类少女没什么区别，拥有远超人类能力的机械生命体。那就是“人形”。随着技术的进一步发展，被交付与其相配的枪械的“战术人形”被各大军事组织采用。在这种情况下，军需企业“铁血工造”的AI突然向人类掀起了反旗。于是，对其展开调查并进行阻止的民间军事公司“格里芬”的战术人形们的战斗拉开了帷幕。由“格里芬”所属的最高级战术人形组成的“AR小队”成员，和人类指挥官一起恢复各地的秩序，在保护人类安全的同时，解开隐藏在这场战争背后的巨大谜团。