宠物鼠罗迪（休·杰克曼 配音）的奢华生活全被一只从下水道爬上来的流浪鼠西德（肖恩·里奇 配音）搅了，无赖西德甚至把罗迪冲进了下水道。从没经历过世事的罗迪简直步入了噩梦一般，他光鲜的衣着和闪亮的皮鞋与肮脏的下水道城市格格不入。不过幸运的他遇到了丽塔（凯特·温丝莱特 配音），一个独立、勇敢、聪明、强悍的新新鼠类，更重要的是，她是个漂亮的女孩儿。丽塔答应送罗迪回家，不想这个过程费尽了周折。地下世界里生活着一只妄想灭绝鼠类的疯疯癫癫的癞蛤蟆陶德（伊恩·麦克莱恩 配音）。他一路对丽塔和罗迪围追堵劫。历尽千辛万苦，他们终于回到罗迪的家。然而在丽塔看来，罗迪的家虽然舒适却宛如金丝雀的鸟笼。已经对丽塔心生爱慕的罗迪该怎么办呢？他会放弃豪华的生活追随着心爱的姑娘去漂泊么？

位于加拿大的深山老林，背负着永生之苦的“金刚狼”罗根隐居于此。在一次与猎人的冲突中，他得到东瀛女子雪绪的帮助。雪绪是罗根二战期间的旧相识矢志田派来的下属，似乎不久于人世的老友渴望死去之间再见罗根一面。跨越重洋的罗根终于见到在虚弱的矢志田，对方希望他能够保护自己的孙女真理子。随着老人谢世，葬礼上突然战火点燃。罗根在雪绪的帮助下拼死救出真理子，而矢志田的儿子信玄似乎另有所图。逃亡途中，罗根意外发现他丧失了自愈的能力，金刚狼最大的危机降临……

具有特殊能力的一群变种人组成了一个维护世界的小组——X战警小队。成员包括能吸收对方记忆的淘气、双眼能放致命射线的独眼狼、能随意控制气候的暴风女、具有隔空取物和瞬间移动移动能力的琴葛蕾。不久，钢狼也出现了。不过钢狼脾气暴躁、独来独往，X战警小队想极力拉拢钢狼加入队伍，无奈孤傲的钢狼一时也没有答应。邪恶轴心能控制磁力和地球引力的万磁王此时也在极力拉拢钢狼，X战警小队不仅要费尽心思对付万磁王，还要小心亦正亦邪的钢狼。他们能否取得最后的胜利？

第一集中，变异人在X教授的指挥下，将邪恶的万磁王打入冷宫，但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军，率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。万磁王在这种情况下，不得不寻找与X教授联手抵抗前将军的方式。金钢狼的身世也将在本集中进一步揭开。

琴的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去，而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量，X教授和万磁王各自争取琴，她成为了改变异种人世界的关键人物……