本片为EVA新剧场版四部曲的第三部。14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香和真里夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣，但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相。

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛一切早已写入剧本。

我们为什么要这麼做……？ 哈尔希洛回过神来，才发现自己身处在黑暗当中，他完全不知道自己人在何处，也不明白这个地方是哪里。 他的身边有一群和他一样失去记忆，只记得自己名字的男女；而离开了地底後，等待著众人的是一个「宛如游戏」的世界。为求生存，哈尔希洛与自己有著相同境遇的夥伴们组成队伍、学习技能，以义勇兵见习者的身分踏入了这个世界--「格林姆迦尔」。没有人知道未来会遇见什麼……这一切，就是从灰烬之中所诞生的冒险谭。

自幼感情极好的乙骨忧太与祈本里香约好长大后要结婚，却不料里香因车祸死亡化为强大怨灵依附在忧太身边，为此所苦的忧太一心求死，之后在五条悟的带领下进入咒术高专结识了新同学：禅院真希、狗卷棘与熊猫，他决定在这里找到活下去的自信并解除里香的诅咒。意欲夺取里香强大怨灵力量的夏油杰宣布在12月24日举行「百鬼夜行」，在新宿与京都释出上千个诅咒。面临如此重大浩劫，忧太能否阻止夏油的野心并解开里香的诅咒？

家中经营钓鱼船、总是被欺负的少年幕之内一歩，和后来成为世界冠军的鹰村守相遇，开启了拳击的人生。凭努力加上毅力，最后在强者的世界里打出自己的一片天空，实现职业拳手的美梦。