阳光明媚的一天，柯南、小兰以及少年侦探团的伙伴们随同毛利小五郎来到大阪，参加在当地举行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大赛。期间，他们还见到了彼此的好友服部平次和远山和叶。就在比赛进行中途，一封爆炸预告信送到电视台，警方迅速行动起来组织疏散。疏散一半时，爆炸突然发生，结果平次与和叶被困在建筑物中。而在一连串的混乱过后，一位皋月杯相关人员的尸体突然出现在众人面前。迷离的案情再度引起柯南的注意。

因兴趣而开始做英雄的男人，埼玉。他通过3年的特训获得了无敌的力量，成为仅凭一击就能打倒任何敌人的英雄。他和偶然成为自己弟子的杰诺斯一起，开始在英雄协会正式展开英雄活动。在怪人发生率异常上升的同时，英雄协会想到大预言家皱巴巴婆婆留下的“地球完蛋了”的灾害的可能性，并准备开始研究对策。此时，对怪人感到憧憬的饿狼出现了。

男鹿辰巳，石矢魔高中的不良学生，打架无败记录，因此被周围的人称为恶魔。某次在河边打架的时候遇见了从上游漂来的大叔，男鹿把大叔带上岸之后大叔却突然分成了两半，惊魂未定之余又发现了大叔体内有个小婴儿，谁知道这个小婴儿竟然是来自魔界未来的魔王，魔王的儿子！男鹿也莫名奇妙的成为魔王的父亲，从此开始...

从小便能看见妖怪的少年夏目贵志，自从他从祖母玲子那里继承了与妖怪成为主从、并将其名字书写在上的契约书“友人帐”以来，便与自称为保镖的妖怪猫咪老师一同，开始了将名字返还给妖怪的每一天。夏目与各种各样的妖怪与善良人们相遇，在构筑温暖的场所同时，也反复寄托着想要守护重要之物的想法。

这是一个世界各国均暗地里进行激烈情报战的时代。东国（Ostania）与西国（Westalis）的冷战状态已经持续数十年。“黄昏”是西国情报局东国对策科“WISE”的一名优秀间谍。为调查威胁东西两国和平的人物——东国国家统一党总裁多诺万·德斯蒙，上级给予了他一个绝密任务。任务名为：“枭”（Strix）行动。内容是“一周之内组建家庭，潜入德斯蒙儿子就读的名门学校的联谊会”。于是“黄昏”扮演成精神科医生劳埃德·福杰，开始组建家庭。然而，他找来的女儿阿尼亚是个能读心的超能力者，妻子约尔是个杀手！三人利害关系一致，便互相隐瞒身份，开始了共同生活。世界的和平，就掌握在这意外不断的临时一家人手中。